宋元以后，特别是明清时期，随着经济、文化的繁荣和与外界的广泛交往，徽州医学兴盛，名医辈出，医籍浩瀚。尤其是儒医的出现，根据徽州的地理环境、气候条件和生活习性，提出了系统的医学理论，特别重视脾胃、肝肾和气血的调养，用药平正中和，形成独树一帜的医学流派，因徽州古为新安郡，世称“新安医学”。

    据统计，自宋之张扩、张杲以来，有史料可查的新安医家就有766人（在京都任太医的有29人），其中355人著有医学论著659种（其中东传的医籍有14部，在朝鲜、日本刊行）。他们功深临证，勤耕医著，对中医经典和本草、方剂的研究，临床各科的发挥无不备述，影响深远，流传广泛。其中具有代表性的著名新安医家有：宋张扩、张杲（约1149－1227），他们于南宋淳熙十六年（1189）编成《医说》十卷；明汪机（1463一1539），为“固本培元”派的代表人物，著有《石山医案》、《痘治理辨》、《外科理例》等书；另有明徐春圃、陈嘉谟、孙一奎、方有执、余午亭、吴昆等，清程衍道、程云来、程应旄、郑重光、汪昂、郑梅涧、程仲龄、吴谦、程文囿等。代表医著有《古今医统大全》、《本草蒙荃》、《赤水玄珠》、《名医类案》、《伤寒论条辨》、《医方考》、《丹溪心法》、《素问吴注》、《本草备要》、《重楼玉钥》、《医学心悟》、《医宗金鉴》、《不居集》等等。医家之众多，医者之浩丰，建树之良多，世所罕见。

    新安医家以儒医群体和世医家族链为特征，形成了自身固有的师承关系。自宋以来，数百年的世系比比皆是，宗族社会的色彩在新安医学中有着鲜明的映证，世代相传，代不乏人。从宋代张扩始，经张挥、张彦仁医术代代流传；到第四代张杲以儒医鸣世，其精心研究医学50年，著成《医说》十卷，享誉医坛，堪称“新安第一代名医世家”。又如歙县蜀口曹氏外科，其先人曹启梧传于曹承隆．承隆传子，子又传孙；历经五代而不衰。吴山铺程氏伤科（又称黄源村伤科），始于清康熙年间程时彬、程时亨、程时中三兄弟。程时彬传子程士华，继传孙鹤生，曾孙永裕，相传十代，代不乏人。歙县黄氏妇科世家，始于宋代黄孝通，宋孝宗时〔1163—1189）为御赐“医博”，擅妇科，为黄氏妇科之始祖，其后代多以医为业，至今800余年，相继25代；代有传人，人称“医博世家＂。闻名全国的歙县郑村“南园、西园喉科”，同样是家族世袭专业，有“一源双流”之称。清康熙时，郑于丰、郑于蕃兄弟同业喉科。于丰住宅南园，世称“南园喉科”，于蕃住宅西园，世人称之为“西园喉科”，从此闻名于世，相传至今13代。著名的医学世家还有歙县的余午亭、王养涵、吴正伦等内科世家，许豫和、程公礼儿科世家，王履中“新安王氏医学世家”，休宁江家伦祖传2代妇科名医世家等等。新安医学的这种以家族为纽带的“人才链”特点，使得医业多有世袭，代传不衰。据不完全统计，自北宋以来，三代以上至三十多代的家传名医有63家300余人。众多的家族世医相传，对于祖国医学事业的发展和社会生产力水平的提高均起着积极的推动作用。

    徽州山灵水秀，中药资源丰富，徽菊、祁蛇、红枣皮、杜仲等名贵药材量多质好，是全国重要的药材产地之一。这为新安医学的发展提供了一定的实物基础。例如，“灵芝草”、“雪蛤蟆”，这些传说中起死回生的良药，曾经由明清两代名噪一时的徽商输往大江南北各地，对于一些许多名医束手无策的疑难杂症，入药后，颇有奇效。“灵芝草”千年才能长成一株一米多高的枝干，且多生长在阴湿、避光的悬崖陡壁上，极为名贵。五十年代，黄山一个老药农，曾经看到悬崖上一株植物，在阳光照射下，晶莹剔透，于是不避艰险，采到一棵长一米五左右的木芝。由于从未见过，所以他非常珍惜。正巧，一位老华侨路过此地，愿以天文之价购买，老药农惊喜之余，不禁探问，才知为千年木芝。后来药农将它捐给国家，现陈列于安徽省博物馆。由于新安医学以名贵中草药为主要原料，因此也带来了中药事业的繁荣与发展。据史料记载，设于屯溪老街的“翼农”、“同德仁”两大药房，曾主宰整个鄂、浙、皖三省的中药市场。

    古新安是程朱理学的桑梓之邦，文化底蕴丰厚，医家信奉儒学。习医行事“一以儒理为权衡”，“不为良相，则为良医”，成为他们从儒学中学习做人的准则。因此，新安医家多以儒家伦理道德为规范，祟尚人文理性追求。他们特别重视从博大精深的中医医学宝库中吸取营养；很多医家利用自身由儒入医的优势．注重对古代医籍和医学文献的解读和诠释，对于前人的医学经验努力加以总结。清代婺源医家王桂元，12岁即通诵四书六经，尤精易理，凡河、洛、理、数及《参同契》之类，无不洞悉精蕴。名医俞塞则体会学医不通易理则医术不精；吴澄强调医易相通，著成《医易会参》。明代休宁大医家孙一奎，倡导用《易经》太极理论解释“命门”（有人认为命门说与西医的内分泌系统相关），强调人体之“元气”，注重元气之生生不息。明代歙县名医方有执，更是在妻妾、子女先后夭折，自己亦险遭病厄的逆境中，发奋攻医，历时20年，将《伤寒论》逐条改订，重新编纂成篇，加之注解，写成了《伤寒论条辨》八卷，开《伤寒论》“错简重订派”之先河。其他如吴正伦、程敬通、方博九、汪文绮、张柏、吴澄、程国彭、程衍道、程嘉谟、汪昂等众多医家，都精通易理，以太极阴阳之说察寒热虚实，究元阳温补之法，为“固本培元派”、“时方轻灵派”、“医学普及启蒙派”的代表人物。

    新安医学“固体培元派”的发明与创造，使得中国医学发展史上出现了一个举足轻重的局面，它几乎与现代医学免疫学、内分泌学、网状内皮系统、体液学、基因学及营养学说形成了接轨的趋势。现代医学以化疗等方法在向癌肿开战时，也为它产生的毒副作用和同时杀伤了人类生存所需的干细胞而大伤脑筋，中医的“固本培元”在消除毒副作用并扶植干细胞方面悄然崭露头角。我省中医学院资深教授称：“‘固体培元’作为新安医学的学术观点和临床特色，是颇具代表性的重要课题。”“固体培元”的临床观察在转基因方面出现的苗头，使海内外有识之士感到震撼。与此同时，古代新安医学的著述之中，尚有为数很多的传方，它们在提高肌体免疫力，升高人体白细胞，在净化血清蛋白等等方面，均有令人意外的效果。
新安医学主要著作：《医说》宋代歙县人张昊撰，新安医学的经典著作。
　　《眼科宝籍》明代著名医学家程玠（歙县人）著。
　　《石山医案》明代汪机（祁门县城人）著。
　　以及《名医类案》（我国第一部总结历代医案的专著）、《本草蒙荃》、《慎斋遗书》、《古今医统大全》等等。
　　一、 现存最早载有大量医学史料之著述——张杲与《医说》
　　张杲，字季明，南宋歙县人其伯祖张扩受业于庞安时，祖张挥，父张师孟均业医。张杲行医五十余年，为了弘扬轩吱及古来名医之道，将古来医者，医案汇集为《医说》于1189年刊行。是书十卷，内分四十七门，总论名医110多人.首七门为医书总叙、针灸、诊视之类，次分杂症六门，次妇人、小儿二门，次疮及五绝、痹疝三门，而以医功报应放卷末。有评论，有本人实践附后，取材较丰富。还收载了古代一些不太公开的处方，对保存和传播古代医籍起了一定的作用。虽在张杲之前有唐代甘伯宗的《名医传》，但原书已失，故《医说》是我国现存最早载有大量医史人物传记和医学史料的书籍，也是第一部较为完整的新安医学著作。该书东传，朝鲜李斯王朝成宗十五年（公元1488年）曾刊行，日本万治二年（公元1659年）也刊行。因此《医说》也是最早流传国外的新安著作。
　　二、 第一部注介医方之专著——吴昆与《医方考》
　　吴昆，字山甫，别号鹤皋山人，明代歙县人。15岁时从歙县余家山余午亭学医。临证16年，体会到生搬硬套地用古人成方治疾，不仅疗效不显，而且容易误病殃人，用古方必须要掌握方义和加减进退的规范。于是“取古昔良医之方七百余首，揆之于经，酌以心思，订之于证，发其微之，编为六卷，凡二十门，题之端曰《医方考》”。
    《石山医案》，明代汪机著。祁门县城人。明代杰出的医学家，“新安医学”奠基人之一。《石山医案》为汪机代表作，较为集中地反映了他的医学成就，最为后世所推生。汪机的医学成就，主要在于他将李东垣的“补土派”和朱丹溪的“滋阴派”的医学思想结合起来，提出“调补气血，固本培元”的医学思想，从而开创了新安医学的“培元派”先河。《石山医案》是陈桷将汪机临床治验医案经过整理，汇辑而成，为后人继承、研究汪机医学思想和用药特色留下了珍贵的资料。

　　《伤寒论条辨》，作者方有执，明代歙县灵山人。方有执弃儒从医，是从反复阅读、认真钻研东汉大医学家张仲景的《伤寒论》巨著开始的中医所说的伤寒，是指一切因外感而引起的急性病（广义），或指发热、恶寒、无汗、头项强痛等症状（狭义），与西医所说的伤寒是有区别的。《伤寒论条辨》一书，在医学届中促进不同学派的兴起，形成百家争鸣的局面，这对中医学的发展起到了重大的推动作用。